J'ai un problème similaire. Chez moi ce ne sont pas les liens externes qui ne fonctionnent plus, mais les liens apt [[apt://blabla|blabla]] et ceci sans raison apparente. Le texte apparait, mais le lien n'apparait plus.
Le problème ne vient pas des plugins. J'ai testé en installant un wiki (dokuwiki-2011-05-25a) tout frais sans plugin, sans modification et ça ne fonctionne toujours pas.
Par contre en testant avec le dokuwiki-2010-11-07a ça fonctionne parfaitement.
J'utilise mon wiki en usage interne, installé sur mon PC personnel.
Edit:
Après plusieurs test, il semblerait que le problème vienne du fichier /inc/parser/
xhtml.php et plus particulièrement de cette partie du code.
// url might be an attack vector, only allow registered protocols
if(is_null($this->schemes)) $this->schemes = getSchemes();
list($scheme) = explode('://',$url);
$scheme = strtolower($scheme);
if(!in_array($scheme,$this->schemes)) $url = '';
Edit 2 :
En supprimant le point d'exclamation dans la ligne
if(!in_array($scheme,$this->schemes)) $url = '';
j'ai retrouvé l'usage des liens.